Les huiles essentielles sont des substances sensibles à la chaleur, à la lumière, aux variations de température et aux changements de pression atmosphérique. Certaines molécules aromatiques (camphre, menthol) sont cristallisables lorsque la température est trop froide. Il est donc préférable de les conserver dans un contenant en verre ambré (brun, bleu ou vert), à l’abri de la lumière et dans un endroit frais (entre 15 et 20 degrés) et sec.
Lorsqu’elles sont conservées dans les conditions optimales, elles peuvent se conserver pendant plus de 100 ans. Les reliques trouvées dans les tombeaux de pharaons en sont la preuve. Les zestes d’agrumes sont une exception puisqu’ils ne sont pas obtenus par distillation mais par pression à froid. Ils sont alors moins stables.
Bien qu’elles fassent partie de la pharmacie familiale, la salle de bain n’est pas le meilleur endroit pour les garder. Les bouteilles doivent être conservées hors de portée des enfants.